Naruto Shippuden

Nagsisimula ang Naruto Shippuden sa pagbabalik ni Naruto mula sa tatlong taong pagsasanay kasama si Jiraiya, ngayon ay mas makapangyarihan at kayang magpatawag ng mga higanteng palaka. Muli siyang sumasama sa Team Kakashi at nakikipaglaban sa mga miyembro ng Akatsuki, kabilang si Itachi (na ang katotohanan ay nalalaman ni Naruto) at si Pain, na sumisira sa Konoha. Tinalo ni Naruto si Pain sa pamamagitan ng sarili niyang mga salita at nakamit ang paggalang ng nayon. Samantala, tinalo ni Sasuke si Itachi at nalaman ang katotohanan tungkol sa Uchiha massacre, at sumali sa Akatsuki sa planong sirain ang Konoha. Sumiklab ang Fourth Great Ninja War nang buhayin muli ni Kabuto ang libu-libong patay na ninja, kabilang ang lahat ng naunang Hokage at si Madara Uchiha. Nakamit nina Naruto at Killer Bee ang kontrol sa Nine-Tails at Eight-Tails, ayon sa pagkakasunod. Nagtatapos ang digmaan sa pagdating ni Kaguya Otsutsuki, isang sinaunang nilalang mula sa ibang dimensyon. Pagkatapos ng kanyang pagkatalo at pagkakakulong, sa wakas ay nakipagkasundo si Naruto kay Sasuke sa isang epikong huling laban, at kapwa sila nawalan ng isang braso sa kanilang paghaharap. Pinatawad ang mga krimen ni Sasuke at umalis siya sa isang paglalakbay para sa pagtubos. Naging Seventh Hokage si Naruto.