Ang Direkta para Sakupin ang Nine Tails

Sa isang lihim na lungga, nabuhay ang eksperimento ni Orochimaru matapos tamaan ng kidlat. Ngunit bumaliktad ang plano ni Orochimaru nang umatake ang eksperimento sa kanya at sinimulang sirain ang gusali, kaya napilitan silang lumikas ni Kabuto. Kinabukasan, natagpuan nina Itachi at Kisame ang sirang eksperimento sa nasirang gusali at dinala ito sa kanilang lider na si Pain. Sa isang lihim na hideout ng Akatsuki, ginamit ni Pain ang King of Hell upang ayusin ito, pati na ang pagdaragdag ng mga bagong pagbabago. Inutusan ng lider ng Akatsuki si Itachi na hulihin ang Nine-Tails gamit ang naayos na eksperimento, na ngayo'y may hooded na kapa, at sumama siya sa misyon. Dumating si Itachi malapit sa Konohagakure at iniutos nitong hulihin si Naruto. Sinimulan nitong hanapin si Naruto, umatake sa ilang mga taga-nayon at tinalo ang Team Guy. Lumitaw si Naruto upang pigilan ito para makabalik siya sa kanyang pagsasanay. Inatake ni Naruto ang eksperimento gamit ang maraming clones niya, ngunit madali itong napigilan. Nagawa ni Naruto na tamaan ang kapa nito, na pinunit at lumabas na isang mekanikal na replika niya na kilala bilang Mecha-Naruto. Sinimulang sisipsipin ni Mecha-Naruto ang chakra ng Nine Tails ni Naruto, kaya nawawalan siya ng lakas. Dumating sina Kakashi at Yamato; ginamit ni Kakashi ang Lightning Cutter para madistract si Mecha-Naruto habang nasagip siya ni Yamato. Nakalikas ang tatlo gamit ang isang lihim na lagusan habang sinisira ni Mecha-Naruto ang nayon para hanapin si Naruto. Sa opisina ng Hokage, bumuo si Tsunade ng plano upang panghilahin si Mecha-Naruto palabas ng nayon: sasakay si Naruto sa isang palanquin kasama si Yamato habang sina Chouji, Kiba, Neji, at Shikamaru ang mga tagapagdalang ito at si Kakashi ang suporta. Isinagawa ang plano at nagsimulang habulin ni Mecha-Naruto ang palanquin. Dumating si Shino upang magdistract ngunit natalo rin siya. Nagpasya ang grupo na tumakas patungo sa gubat, pinalitan ni Shikamaru si Kakashi upang subukang labanan si Mecha-Naruto pero natalo siya matapos mabagsakan sa lupa. Iniutos ni Tsunade kay Shizune na humingi ng tulong mula sa Sunagakure.