Ang Bagong Akatsuki

Ibinunyag ni Yahiko kay Nagato ang kanyang hangaring umatras bilang pinuno ng Akatsuki at hiniling sa kanyang kaibigan na tanggapin ang posisyon, hindi nila alam ang pagkakadakip kay Konan habang nilapitan sila ni Danzo na nagpapanggap at nagsabi na nais silang makita ni Hanzo. Bago umalis kasama si Yahiko, nilapitan si Nagato ni Obito at binalaan na maghanda sa pagharap sa realidad nang tumangging iwan ang mga kaibigan. Pagkatapos umalis ni Nagato at Yahiko, nakatanggap si Kyusuke ng sulat na nagsasabing nagpupulong din ang ANBU ng Leaf kay Hanzo, napagtanto nitong ito ay isang bitag. Sinubukang habulin ni Kyusuke at ng ibang miyembro ng Akatsuki sina Yahiko at Nagato ngunit nahadlangan at pinatay nina Obito at Zetsu, gusto ni Obito na maranasan ni Nagato ang kaparehong trahedya na naranasan niya nang mapanood ang pagkamatay ni Rin. Pagdating nila sa lugar ng pagpupulong kay Hanzo, nasilayan nila si Yahiko na tinutusok ang sarili ng kunai ni Nagato nang pilitin ni Hanzo si kanyang kaibigan na pumili sa pagpatay sa kanya o makita si Konan na mamatay. Galit at habang malubhang nasugatan ang mga binti ni Nagato dahil sa malagkit na papel na bomba bilang resulta ng pagsagip kay Konan, ginamit ni Nagato ang kanyang Rinnegan upang patayin ang mga shinobi ng Leaf at Rain gamit ang Gedo Statue habang makatakas sina Hanzo at Danzo. Matapos makilala si Obito at tanggapin ang mga ideyal niya, tinapos ni Nagato na gawing Deva Path ng Six Paths of Pain ang bangkay ni Yahiko para manatiling pinuno ng Akatsuki.