Hunter x Hunter beginnt mit Gon Freecss, der mit seiner Tante Mito auf der Walinsel lebt. Er erfährt, dass sein Vater Ging am Leben ist und ein legendärer Hunter, der Gon verließ, um seiner eigenen Karriere nachzugehen. Entschlossen, Ging zu finden, nimmt Gon am Hunter-Examen teil, das mehrere Kandidaten fast das Leben kostet. Dort freundet er sich mit Killua Zoldyck, einem Erben aus einer Assassinenfamilie, Kurapica, einem Jungen auf Rachefeldzug gegen die Phantom Troupe, und Leorio, einem Medizinstudenten, an. Gon besteht und beginnt seine Reise. Der Zoldyck-Familien-Arc offenbart Killuas düstere Assassinen-Vergangenheit und seinen späteren Abschied von der Familie. Der Heavens-Arena-Arc führt Nen ein, ein System von Lebensenergie, das den Kampf auf ein neues Niveau hebt. Der Yorknew-City-Arc zeigt den Raub der Phantom Troupe und Kurapicas Konfrontation mit ihnen. Greed Island ist eine von Ging erschaffene Spielwelt mit seltenen Nen-Fähigkeiten. Der Chimera-Ant-Arc ist der düsterste der Serie: Die Ameisen hybridisieren mit Menschen und anderen Spezies und bringen den gewaltigen König Meruem hervor. Trotz Neteros Bemühungen überlebt der König und kämpft gegen Gon. Nach einer vergifteten Auseinandersetzung geht Gon einen Handel mit der Macht des Dunklen Kontinents ein und opfert seine Zukunft, um Pitou zu besiegen. Der Election-Arc löst die Folgen auf: Gon erholt sich, Killua geht mit seiner Schwester Alluka, und Gon vereint sich schließlich wieder mit Ging.