La Nuova Akatsuki

Yahiko rivela a Nagato la sua intenzione di dimettersi da leader dell'Akatsuki e chiede al suo amico di prenderne il posto, ignari della cattura di Konan mentre vengono avvicinati da Danzo travestito che li informa che Hanzo desidera incontrarli. Prima di uscire con Yahiko, Nagato viene avvicinato da Obito che lo avverte di prepararsi ad affrontare la realtà quando si rifiuta di abbandonare i suoi amici. Dopo che Nagato e Yahiko sono usciti, Kyūsuke riceve una lettera che gli ANBU della Foglia si stanno anch'essi incontrando con Hanzo e si rende conto che è una trappola. Kyūsuke e gli altri membri dell'Akatsuki tentano di raggiungere Yahiko e Nagato prima di essere intercettati e massacrati da Obito e Zetsu, il primo desideroso che Nagato sperimenti la stessa tragedia che soffrì assistendo alla morte di Rin. I due arrivano al luogo dell'incontro con Hanzo e assistono mentre Yahiko si trafigge con i kunai di Nagato, costretto da Hanzo a scegliere se ucciderlo o assistere alla morte di Konan. Infuriato mentre le sue gambe sono gravemente danneggiate da bombe di carta adesiva a causa del salvataggio di Konan, Nagato usa il suo Rinnegan per massacrare i ninja della Foglia e della Pioggia con la Statua di Gedo mentre Hanzo e Danzo fuggono. Poco dopo aver incontrato Obito, ora avendo abbracciato i suoi ideali, Nagato completa la conversione del cadavere di Yahiko nel Sentiero Deva dei suoi Sei Sentieri del Dolore affinché rimanga il leader dell'Akatsuki.