Coup d'État

Malgré les réticences de Hiruzen, Danzo persuade le Conseil de Konoha de soutenir sa décision de placer les Uchiha sous surveillance 24h/24, arguant que leur Sharingan fait d'eux les principaux suspects de l'attaque du Neuf Queues sur Konoha il y a des années. Bien que Kakashi n'approuve pas cette décision, il apprend par Itachi que son clan est déjà conscient de cette suspicion. Les membres de la police militaire de Konoha deviennent de plus en plus belliqueux malgré les efforts de Fugaku, et les plaintes des citoyens parviennent bientôt aux autorités qui paraissent décidées à accroître la pression sur le clan, au mépris du jugement du Troisième Hokage. Ailleurs, une équipe de ninjas du Pays de la Brume cachée sous les ordres d'Ao est forcée de battre en retraite en réalisant qu'ils affrontent Shisui Uchiha. Faisant son rapport au conseil, Shisui demande un entretien privé avec Hiruzen pour obtenir la permission d'agir seul afin de dissiper les soupçons sur les Uchiha. Réunissant Itachi et révélant que ses proches l'ont chargé de surveiller Itachi suite à la perte de confiance, Shisui lui confie son intention d'empêcher le coup d'État prévu en utilisant son Kotoamatsukami sur Fugaku pour dissuader le clan. Toutefois, Danzo reste sceptique et attaque Shisui dans le but d'utiliser les yeux de l'Uchiha à sa manière pour protéger le village. Bien qu'il maîtrise facilement Danzo au début, Shisui est pris au dépourvu par l'Izanagi de l'ancien ninja. Fuyant avec seulement son œil gauche, voyant qu'il est trop tard pour mettre son plan à exécution, Shisui retrouve Itachi et lui donne son œil. Après qu'Itachi a promis de protéger à la fois leur village et le renom du clan, Shisui se suicide, provoquant la manifestation du Mangekyo Sharingan d'Itachi. Alors que les relations entre le village et les Uchiha se détériorent, Itachi réfléchit à la manière d'honorer les dernières volontés de son ami.