La Noche de la Tragedia

Con el aumento de las misiones, y pese a las preocupaciones de Koharu y Homura, Danzo asciende a Itachi al rango de capitán y asigna a Yugao para ocupar su lugar en el Anbu. Poco después, Itachi agradece a Kakashi por su apoyo durante los últimos dos años, aunque se le advierte no involucrarse en las intrigas políticas de los altos mandos. Más tarde, Kakashi se reúne con Hiruzen, quien revela que alguien está entrando en la aldea sin ser detectado al evitar el código del portador y le pide explorar la disposición de las barreras para descubrir la identidad del intruso. Con la ayuda de Guy, Kakashi pasa por el distrito Uchiha, donde nota el cambio en la atmósfera alrededor de los miembros del clan. Por otra parte, Itachi informa a Danzo que los Uchiha planean una revuelta y recibe una orden no oficial de masacrar a su familia por el bien de la aldea. Aquella noche, Itachi se encuentra con un misterioso hombre enmascarado que ha estado entrando en la aldea y que se presenta como Madara Uchiha. Con su ayuda, Itachi aniquila a su clan, con solo Sasuke Uchiha sobreviviendo a la masacre. Poco después, mientras sus antiguos amigos en el Anbu limpian el desorden y él es presentado como un frío asesino, Itachi advierte a Danzo que si intenta dañar a Sasuke, revelará la verdad sobre la Masacre del Clan Uchiha a todas las naciones enemigas. Antes de irse, Itachi tiene una reunión secreta con Hiruzen para expresar su intención de seguir protegiendo Konoha desde las sombras con la esperanza de que su hermano algún día restaure el honor del clan Uchiha. Hiruzen decide no cambiar el código de la barrera, permitiendo que Itachi entre y salga de la aldea a voluntad si se preocupa por el bienestar de Sasuke. Más tarde, a Kakashi le informan que su tiempo como operativo Anbu ha terminado y que será mentor.