La Nueva Akatsuki

Yahiko revela a Nagato su intención de renunciar como líder de Akatsuki y le pide a su amigo que tome su lugar, sin que ambos sepan que Konan ha sido capturada mientras son abordados por un Danzo disfrazado que les informa que Hanzo desea reunirse con ellos. Antes de salir con Yahiko, Nagato es abordado por Obito, quien le advierte que debe prepararse para enfrentar la realidad cuando se niega a abandonar a sus amigos. Después de que Nagato y Yahiko parten, Kyusuke recibe una carta que indica que los ANBU de la Hoja también están reuniéndose con Hanzo y se da cuenta de que es una trampa. Kyusuke y los otros miembros de Akatsuki intentan alcanzar a Yahiko y Nagato antes de ser interceptados y masacrados por Obito y Zetsu; el primero quiere que Nagato experimente la misma tragedia que él sufrió al presenciar la muerte de Rin. Los dos llegan al lugar de la reunión con Hanzo y presencian cómo Yahiko se apuñala con el kunai de Nagato cuando su amigo es forzado por Hanzo a decidir entre matarlo o ver morir a Konan. Enfurecido, mientras sus piernas son gravemente dañadas por bombas adhesivas como resultado de salvar a Konan, Nagato utiliza su Rinnegan para masacrar a los shinobi de la Hoja y Lluvia con la Estatua Gedo, mientras Hanzo y Danzo escapan. Poco después de encontrarse con Obito y haber abrazado sus ideales, Nagato termina convirtiendo el cadáver de Yahiko en el Camino Deva de sus Seis Caminos del Dolor para que permanezca como líder de Akatsuki.