Origen del Dolor

Nagato continúa hablando con Naruto y describe su segundo dolor, cómo él y Konan ayudaron a Yahiko a usar lo que aprendieron de Jiraiya para crear la Akatsuki con el fin de traer la paz a la Aldea Oculta de la Lluvia. Pero Hanzo consideró que el grupo de Yahiko era una amenaza para su régimen y se alió con Danzo para secuestrar a Konan. Hanzo ordena a Nagato que mate a Yahiko si quiere que ella viva, y Yahiko se sacrifica por el bien de Konan, horrorizando a Nagato y sumiéndolo en el estado y la mentalidad discapacitados en los que se encuentra hoy.