Sa isang flashback, inilantad na 20 taon na ang nakalilipas, isang pirata na tinawag na "Gold Lion" Shiki ang pumutol ng kanyang mga paa at nakatakas sa Impel Down. Ilang araw bago magsimula ang pelikula, kinontak ni Gold Lion Shiki ang Amigo Pirates, isang pangkat ng mga pirata na pinamumunuan ni Largo, na nag-alok na gawing ika-51 na crew sa ilalim ng kanyang utos kung matutugunan nila ang isang kahilingan. Samantala, sinusubukan nina Luffy, Usopp, Chopper, at Brook na makahuli ng malaking isda, ngunit kinakain ito ng isang malaking salagubang na tinawag na "Boss". Nakikipaglaban si Luffy sa salagubang upang mapasama ito sa kanyang crew, ngunit lumipad ito patungo sa isang isla kasama siya, si Zoro, Sanji, at Usopp. Lumitaw si Yoko, isang babae na naka-marine coat, na inatake si Luffy dahil sa pagtrato niya kay Boss, at may mga tao na lumabas mula sa isla na nagsabing lumipat sila para makaiwas sa mga panganib dahil hindi sila pinoprotektahan ng mga Marine. Namatay ang ama ni Yoko na isang Marine na ipinagtanggol sila limang taon ang nakalipas, at unang nakilala ni Yoko si Boss tatlong taon matapos ang kanyang kamatayan. Ipinakita nila sa apat na Straw Hat ang kanilang nayon na kahawig ng East Blue sa punto ng pagkakaroon ng mga replika ng ilang kilalang gusali. Humiling ang mga taga-nayon kay Luffy na dalhin si Nami sa kanilang nayon, at habang patungo si Nami gamit ang binagong Waver, pumunta ang mga pirata ni Largo sa isla upang sundin ang kahilingan ni Shiki na kunin ang salagubang na umalis sa kanyang taguan.