A Nova Akatsuki

Yahiko revela a Nagato sua intenção de renunciar à liderança da Akatsuki e pede ao amigo que assuma seu lugar, ambos sem saber da captura de Konan, enquanto são abordados por Danzo disfarçado, que informa que Hanzo deseja encontrá-los. Antes de partir com Yahiko, Nagato é abordado por Obito e advertido para se preparar para encarar a realidade quando se recusa a abandonar seus amigos. Após Nagato e Yahiko partirem, Kyusuke recebe uma carta informando que os ANBU da Folha também estão se reunindo com Hanzo, percebendo que trata-se de uma armadilha. Kyusuke e os demais membros da Akatsuki tentam alcançar Yahiko e Nagato, mas são interceptados e massacrados por Obito e Zetsu, com Obito querendo que Nagato experimente a mesma tragédia que ele sofreu ao presenciar a morte de Rin. Os dois chegam ao local do encontro com Hanzo e testemunham Yahiko se ferir com a kunai de Nagato quando seu amigo é forçado por Hanzo a decidir entre matá-lo ou assistir Konan morrer. Enfurecido e com as pernas gravemente lesionadas por bombas adesivas ao salvar Konan, Nagato usa seu Rinnegan para eliminar os shinobi da Folha e da Chuva usando a Estátua da Gedo, enquanto Hanzo e Danzo escapam. Logo depois de encontrar Obito, tendo abraçado seus ideais, Nagato conclui a conversão do corpo de Yahiko no Caminho Deva de seus Seis Caminhos da Dor para que ele permaneça como líder da Akatsuki.