Nguồn Gốc Nỗi Đau

Nagato tiếp tục nói chuyện với Naruto và mô tả về Pain thứ hai của mình, cách anh và Konan giúp Yahiko sử dụng những gì họ học được từ Jiraiya để tạo ra Akatsuki nhằm mang lại hòa bình cho Làng Mưa Ẩn. Nhưng Hanzo coi nhóm của Yahiko là mối đe dọa cho chế độ của mình và liên minh với Danzo để bắt cóc Konan. Hanzo ra lệnh cho Nagato giết Yahiko nếu muốn cô ấy sống, và Yahiko hy sinh bản thân vì Konan, khiến Nagato kinh hoàng và buộc anh phải rơi vào trạng thái tàn phế và tâm lý hiện tại của mình ngày hôm nay.