Ursprung des Schmerzes

Nagato erzählt Naruto weiter von seinem zweiten Schmerz, wie er und Konan Yahiko halfen, die Akatsuki zu gründen, um Frieden in das Versteckte Regen-Dorf zu bringen, basierend auf dem, was sie von Jiraiya gelernt hatten. Doch Hanzo betrachtete Yahikos Gruppe als Bedrohung für seine Herrschaft und verbündete sich mit Danzo, um Konan zu entführen. Hanzo befahl Nagato, Yahiko zu töten, wenn er wollte, dass sie lebt, und Yahiko opferte sich für Konans Wohl auf, was Nagato entsetzte und ihn in den heutigen gelähmten Zustand und Geisteszustand versetzte.